Direktorat Penjaminan Mutu Akademik (DPMA) hadir sebagai unit kerja yang mengemban tugas sebagai pelaksana Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) di UI. Pentingnya pengawasan mutu telah diisyaratkan oleh pemerintah sejak tahun 1990 seperti yang tertera dalam Peraturan Pemerintah No. 30 Tahun 1990 tentang Pendidikan Tinggi Pasal 121. Cikal bakal DPMA tertera dalam Statuta UI 1992 Pasal 21 di mana Universitas Indonesia membuat sebuah badan kelengkapan khusus tingkat universitas yang disebut Badan Audit Akademik (BAA).
BAA berdiri pada tahun 2002 melalui Keputusan Rektor UI No. 123/SK/R/UI/2000 yang mengatur tentang Struktur Organisasi dan Tatalaksana Badan Audit Akademik UI. Seiring berjalannya kajian mengenai penjaminan mutu dan audit mutu akademik, cakupan tugas dari badan kelengkapan BAA menjadi lebih luas. Oleh karena itu, nama BAA diubah menjadi Badan Penjaminan Mutu Akademik (BPMA) pada tahun 2004 melalui Keputusan Rektor UI No. 012/SK/UI/2004 tentang Struktur Pelaksana Penjaminan Mutu Akademik Universitas Indonesia.
Sejak pertengahan Desember 2024, SPMI UI kembali mengalami transformasi. Sejalan dengan Keputusan Rektor UI No. 2740/SK/R/UI/2024 tentang Perubahan atas Keputusan Rektor Universitas Indonesia No. 2718/SK/R/UI/2024 tentang Struktur Organisasi Universitas Indonesia 2024—2029, fungsi SPMI UI dijalankan oleh DPMA di bawah koordinasi Badan Penjaminan Mutu dan Pengawasan Internal. Kini, setelah terbitnya Keputusan Rektor UI No. 607/SK/R/UI/2026, fungsi Badan Penjaminan Mutu dan Pengawasan Internal dijalankan oleh Badan Kepatuhan dengan fungsi SPMI UI tetap dijalankan oleh DPMA di bawah koordinasi badan tersebut.